2층으로는 계단을 걸어 올라가야 했는데, 말이 2층이지 중간층이라고 하는게 맞는 것 같다. 박물관 내부는 성당과 모스크 역할을 할 당시의 유물들이 공존하는데, 대형 돔안에는 이슬람언어로 써져 있는 원반(Medallions)이 있는데 알라와 무하마드, 알라의 사도인 칼리프의 이름이 새겨져 있다고 한다.
아야소피아의 가운데 위에는 성모마리아의 모자이크가 있는데, 성모마리아가 어린 예수를 무릎에 앉힌 모양을 하고 있다. 그리고 그 우측에는 천사의 모양이 있었다.
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중간층에서 어디로 가야 디시스(Deesis)라고 불리는 예수의 벽화가 있는지 알기 힘든데, 계단으로 올라와서 오른쪽 방향으로 가면 문을지나 오른편에는 예수의 벽화, 왼편으로 좀더 가면 황후 조에(Zoe)부부의 모자이크와 황제가족과 성모마리아가 있는 모자이크를 볼 수 있다.
